В 1809 г. специальная школа для изучения высшей» буддийской догматики при монастыре Чжебцзун-Дамбо Хутухта выделилась в особый монастырь Гандан, названный так в честь одноименного монастыря в Тибете. Со временем Гандан стал главным буддийским монастырем Монголии. Первый его храм был заложен в 1838 г. пятым главой ламаистской церкви Монголии Цултэм Джигмед Дамби Джанцаном. Он был построен из дерева, а крыша покрыта золотом. В 1840-1841 гг. построен каменный храм.
В конце XIX века монастырь занимал обширную территорию, на которой только монахов-лам жило около четырнадцати тысяч. В конце 30-х годов ХХ столетия он был закрыт как и большинство монастырей страны. Некоторое время в помещениях монастыря находилась типография.
Официально датой восстановления монастыря называется 1949 год, когда Гандан был открыт «по просьбе верующих», хотя, скорее руку к этому приложил Иосиф Сталин. По другой версии, открытие монастыря произошло в 1944 году по просьбе вице-президента США Генри Уоллеса в связи с его приездом в Улан-Батор летом того года. Просьба его совпала с намерениями монгольских властей устроить в Монголии несколько образцово-показательных монастырей для демонстрации иностранным гостям свободы вероисповедания.
Так или иначе, но после времени своего вынужденного бездействия Гандантекчинлинг был практически отстроен заново.
В 1990 году после окончания реставрационных работ открыты два действующих храма — Цогчин и Дзу. Третий храм — трехэтажный храм Мэгджид-Джанрайсэг (Женрейсега) построен в начале ХХ века. Главной святыней храма является 26-ти метровая позолоченная статуя Мэгджида Джанрайсэга — бодхисаттвы милосердия Авалокитешвара, которая была посвящена VIII богдо-хану. Первая статуя бога Джанрайсэг, выполненная для того, чтобы вылечить богдо-хана, когда ухудшилось его зрение, была уничтожена в 1938 года, но в 1966 году ее воссоздали на добровольные пожертвования монгольского народа.
с 1970 г. при Гандантекчинлинге действует Буддийская духовная академия, в её библиотеке насчитывается свыше 50 тыс. книг и рукописей. Сейчас это главный центр буддизма Монголии, куда регулярно ходят верующие.
Сегодня Гандантекчинлин представляет монгольский буддизм на национальном и международном уровне. В нем 850 монахов и 13 направлений изучения и практики в различных областях буддистского знания, таких как, например:
- Буддистский университет Занабазара (Zanabazar Buddhist University)
Дашчойнпел дацан, буддистская философская школа (Dashchoinpel Dratsang (college for Buddhist Philosophy))
Ганачойлин дацан, буддистская философская школа (Gungaachoiling Dratsang (college for Buddhist Philosophy))
Идгачойнцинлин дацан, буддистская философская школа (Idgaachoinzinling Dratsang (college for Buddhist Philosophy))
Авалокитешвара дацан Avalokiteshwara Dratsang
Гиуд дацан, традиционная тантрическая школа (Gyud Dratsang (college for the Tradition of Tantra))
Пемайоги дацан, (PemaYogi Dratsang)
Калачакра дацан, (Kalachakra Dratsang)
Цогчен храм, (Tsogchen Temple)
Монгольский университет буддистских искусств (Mongolian Buddhist University of Arts)
Буддистская школа (Buddhist Secondary School)
Медицинский дацан (Medicine Dratsang)
Астрологический дацан (Astrological Dratsang)
Вокруг монастыря Гандан сохранилась типичная застройка старого города. Узкие улицы с глухими заборами и торговыми лавками окружают монастырь со всех сторон.